Головними об’єктами досліджень Інституту є Пліснеський та Буський археологічні комплекси. Джерела, сформовані у результаті розкопок цих пам’яток разом із матеріалами з інших пунктів є основою для висвітлення складних етнокультурних, містотворчих та державотворчих процесів наприкінці І – початку ІІ тисячоліть н.е.
Науковці Інституту розробляють низку актуальних питань з історії населення ранньозалізного віку. У цьому напрямку працює спеціаліст ІІ категорії Богдан Завітій. Дослідник провів археологічні дослідження на городищах епохи фракійського гальштату Лошнів та Лисичники, обстежив і відкрив низку нових пам’яток цього часу на Верхньому і Середньому Подністер’ї.
Пам’ятки пізньоримського часу у верхів’ях Західного Бугу досліджує спеціаліст ІІ категорії Наталія Стеблій. Протягом 2009–2013 рр. вона провела суцільні археологічні обстеження басейнів Гологірки, Полтви та Солотвини (притоків Західного Бугу). Провела археологічні розкопки на пізньоримських поселеннях Ріпнів ІІ (2003 р.), Андріївка ІХ (2010 р.), Куткір ІІІ (2014 р.). Разом із доцентом кафедри археології та спеціальних галузей історичної науки Ярославом Онищуком шурфуфала пам’ятку у смт. Красне, матеріали з якої дослідники попередньо віднесли до зарубинецької культури. На польовий сезон 2016 р. заплановано розкопки пізньоримського поселення у м. Буську, де під час досліджень 2015 р. виявлено цікаві матеріали черняхівської культури.