Інститут археології співпрацює з науково-дослідними та освітніми установами України, Центральної і Південно-Східної Європи. Протягом 2001 – 2009 рр. укладено Угоди про наукову співпрацю в галузі первісної та ранньосередньовічної археології з Інститутом археології НАН України, Інститутом карпатознавства Ужгородського національного університету, обласним управлінням історико-культурної спадщини Львівської облдержадміністрації, Львівським історичним музеєм, історико-краєзнавчим музеєм м. Винники, Буською гімназією ім. Є. Петрушевича, Інститутом археології Словенської академії наук та мистецтв (м. Любляна) та іншими навчальними і науково-дослідними центрами, де культивується археологія..
Інститут приймає участь в міжнародних проектах. Спільно із Інститутом археології Словенської академії наук та мистецтв (м. Любляна) протягом 2003-2004 рр. виконано тему “Взаємозв’язки між Словенією та Україною в ранньому середньовіччі”, в якій крім історичних узагальнень розроблено нові підходи у систематизації пам’яток середини І тис.н.е. у Центральній та Центрально-Східній Європі. З 2006 по 2010 рр. працівники інституту залучені до виконання міжнародного наукового проекту “Народження слов’янських держав: стан та перспективи дослідження”, ініційованого Національним центром наукових досліджень та Вищою школою прикладних досліджень Франції (Париж – Сорбонна), Інститутом археології Стокгольмського університету та Інститутом археології НАН України у 2005 році. У 2008 році на базі пліснеського археологічного комплексу проведено польовий науковий семінар та заключну частину другого симпозіуму, в якому взяли участь провідні фахівці в галузі раннього середньовіччя Інституту археології НАН України та науково-дослідних установ Центральної і Південно-Східної Європи.
В межах університету Інститут тісно співпрацює з історичним факультетом у галузі підготовки фахівців-археологів. На базі інституту поглиблюють свої знання студенти старших курсів зі спеціальності “Археологія” (В. Шелеп, А. Филипчук, О. Блага, М. Байдала та Г. Соловій). Працівники інституту щороку готують студентів археологів для участі в студентських наукових конференціях.